Das engere Planungsgebiet der Eco City wurde bereits bereinigt und frei saniert. Zu einem großen Teil ist es altlastenfrei, es gibt aber Reste.
Die Reinigung eines Gebiets von Munition und Altlasten ist unabhängig vom Standort Wünsdorf ein Thema, welches in vielen Ländern des globalen Südens nach wie vor aktuell ist. Gerade dort, in den kriegs- und klimazerstörten Krisenregionen sollen die Erkenntnisse aus der Eco City zum Einsatz kommen. Daher ist es ist ein Teil der Ausbildung, das Gebiet fruchtbar und nutzbar zu machen, sowie Munition und Altlasten frei von Gefahren zu beseitigen.
Technologien wie Terra Preta, die in der Eco City zum Einsatz kommen, sind außerdem in der Lage, Boden wieder fruchtbar zu machen und zu reinigen.